过来人经常讲给赶路人的几个故事

过来人经常讲给赶路人的几个故事

华中农业大学,刘主

2009年本科毕业后,我穿过武汉大学的后门(工学部茶港门),进入到隔壁的中科院武汉物理与数学研究所读研究生,拜在授业恩师唐淳研究员门下,历经博士、博士后的学习和修行,在2018年春天出山,来到华中农业大学工作。那一段近十年的赶路经历,虽谈不上西天取经那般艰难,但于我个人而言,岂止九九八十一难。从茶港的东三小路走到华农的狮子山大道,我自吹是“踏平坎坷成大道”。现在,我建立了实验室,也在指导着学生,身不由己地成为了他们眼中的过来人。过来人总是烦人的,但我仍时常把我那段赶路岁月里的几个经验讲给他们听,模仿着唐老师以前的模样,盼望着他们各自走向自己的人生大道,可谓师承。

平台好点,运气会好些

我经历过两次最为成功的考试,一次是中考,一次是高考,前者保我进了省重点高中,后者让我读上了武汉大学。这两次考试是我所有的考试里面,发挥得最好的两次,真乃运气。然而,年少无知的是,眼见同学、室友抱着俞敏洪的红宝书入睡,我却把时光和荷尔蒙尽情地挥洒在了桂园球场和华科的堕落街。大学是失败的,没有保研,考了研,没考上,还不知道要怎么办,也没想着要怎么去办。很奇妙的,毕业前有一次打球,跑学院上厕所,偶遇学院领导,问我要不要去隔壁的物数所读研究生(中科院武汉物理与数学研究所,从武大后门过去即是)—简直天上掉馅饼,很哇塞的,我读研究生去了!

人脑子的成长,是一瞬间的事。我很猛地跑到周翔老师实验室去做本科毕业论文,跟着师姐干。我很猛地用纯苯酚做溶剂开一个合成,还鉴定到了目标产物,在师姐的一次组会报告上,周老师眼睛一亮,闪亮全场。我读研两年后,师姐跟我讲,她发Angew Chem(德国应用化学)了。我说我也要努力干,也发Angew Chem,到时邀请周老师参加我的毕业答辩。后来,在唐老师的指导和打磨下(先省去一万字),周老师做了我的博士学位论文答辩主席,因为我确实发了一篇Angew Chem。

每每想起我走过的武大的那个“后门”,真是妙不可言,那是我人生中往前走的一个关键节点。我想我要不是在武大读的大学,可能也就没有所谓的关键节点了。所以,我经常跟本科生讲,努力把成绩搞好些,去一个更好的平台,未来的机会和运气总会好一些;不厌其烦地跟实验室的研究生讲,努力把文章发得好一点,未来可以争取到更多的自由与机会。

很多事情别多想,干了再说

2009年9月,研究生入学,唐淳老师那会还在美国,我不知道他,他更不认识我。开学后,我被分配在刘买利老师课题组,学习生物核磁共振。再次哇撒,核磁共振(NMR),量子物理呀!我不懂,咋学?回想起过去荒废的四年,牙痒痒,立志改头换面,奋发图强。我每天6点起床,也抱一本红宝书,到所对面的中科院图书馆背上一小时单词(虽然不知道为啥还要背它),然后到实验室点开那本753页英文版的Spin Dynamics II,啃那个全是数学符号的量子物理和NMR基础理论。虽然最后也没弄懂多少,但我逐字地啃完了。

在一次组会上,刘买利老师讲,“刘主你可不可以去统计一下近年来关于PRE方法的论文发表情况?”。PRE(顺磁弛豫增强)是一种NMR技术,它通过在蛋白质表面标记一个化学探针,测定蛋白质的动态结构。那会我能大概明白的是探针标记(因为我多少学了点化学),但不懂蛋白质,也不懂动态结构和科学问题。组会后我去查了,很惊讶地发现,PRE的研究十分火热,文章发表几乎是指数增长,而且论文发的很好。我把这个结果跟刘老师反馈了,他微微笑了一下。过了段时间,刘老师跟我讲,所里引进了一个生物核磁方向的青年才俊,非常厉害,你去他那边接受训练吧。我说好啊!

2009年9月24日中午,我接到生平的第一个跨洋电话,美国打来的。电话那头说,“刘主,你好,我是唐淳。”非常兴奋,我怕信号不好,跑到了宿舍楼顶。“你了解基本的生物学知识吗?知道什么是DNA,什么是蛋白质吗?”我说我知道一点的—由此开始,我走上了生命科学研究的道路。唐老师说他近期会全职回国,组建实验室,有些工作我可以先开展起来,考虑到时差,我可以白天做实验(唐老师那边是晚上),晚上找他讨论(唐老师那边是白天),以PPT的形式。我心情澎湃,激动不已,白天使劲干活,吃过晚饭整理PPT,小心翼翼地发给唐老师,急切期待着他的回复和下一步指示。每天要有进展,每晚要有文字形式的总结和报告,这酸爽,但真不累!因为,此前还从来没有人这么耐心和认真地审查我的工作(其实还只是粗糙的实验记录,算不上工作),我觉得很被重视。今年我看有人在Science感恩读博时每周的工作总结,何其幸运,我一进实验室就是每天一总结的训练。

从化学切换到生命科学,基本的质粒转化都不会。很不好意思地讲,为了扩个质粒,我到二手书市场去买了本实验教材,研究了一个星期,总结出一个protocol后,去请教所里的姜凌老师,她说还行,你试试吧。诸如此类,各种不懂和起步,摸爬滚打,但很锻炼人。那阵子,蒸馏水是自己搭架子蒸的,超纯水是去病毒所实验室借的,测个蛋白浓度也是去病毒所实验室蹭的;碰到噬菌体污染,逮着双氧水浸泡的高锰酸钾,拆了摇床底板仔仔细细擦;新买的层析柜进不了实验室,我扯了门框拱它进去,然后去小东门装修市场找一个蹲点的木工师傅钉回去,再去工地上讨点石灰,自己用手把它抹平抹白…… 浑身是劲,干得很开心,也没多想为什么、未来会怎样,但我的课题慢慢展开。想来好多事情都是这么个道理,你以前使过的劲和用过的力,在未来某个时候自然而然地会产生反作用力,推你一把。我在实验室经常这样讲。

很多事情是偶然的,但偶然终将走向必然

记得非常清楚,2010年5月1日,是我正儿八经开始疯狂推进课题的日子,唐老师跟我一起。在那之前(唐老师回国前),唐老师让我测试一个idea:在蛋白质表面弄两个组氨酸,然后加上铜离子,同时辅助加入带有两个羧基的IDA小分子,这样在蛋白质表面构建一个刚性的铜离子标记探针,利用PRE技术,捕获蛋白质更加精细的动态变化。我那会多的听不懂,但探针标记的这个道理我听明白了,就是化学里面的一个络合物嘛。初生牛犊不怕虎,啥也不懂的我反问唐老师,为何不弄三个或四个羧基的小分子,这样配位不是更紧一点吗?唐老师很意外,“有道理,你查查!”我跑武大实验室找来那本化合物词典,翻了几天,跟唐老师反馈说“找到了”。搞来带三个和四个羧基的NTA和BIDA,我的第一个课题,就干起来了。唐老师在美国,也没说我啥,可能他太忙了,懒得理我。

化合物选好了,弄到啥蛋白上呢?我问唐老师,他说你去挑个表达量高的、小一点的蛋白就可以了。好家伙,我认识的蛋白质一只手可能都数得过来,这让我怎么挑?挠了几天头,又跑去找姜凌老师,问她有啥蛋白质。姜老师说她有个ubiquitin(Ub,泛素)的质粒,需要的话她就给我。就这样,我开始“研究”ubiquitin了。至今,我实验室都还有一部分学生在研究ubiquitin的相关问题。好随意的科学萌芽……

在一天一总结的跨洋讨论中,我的第一个课题终于推进到了NMR检测!2010年5月1日,唐老师跟我讲,你采的Ub的数据里面,看到了很明显的分子间PRE。我不懂。唐老师接着说,Ub可能有弱的二聚相互作用。我还是不懂。唐老师接着说,若如此,那太exciting了,因为Ub虽然是NMR的黄金模式蛋白,但别人从没考虑过二聚化对数据分析的影响,在生化里面,也只有共价连接的Ub二聚体一说。这一下我虽然还是不懂,但很嗨了,感觉像是要做出一个石破天惊的成果出来了。我说“怎么搞?”唐老师随即调转船头,设计了一系列实验,我就开始日夜兼程了。在那个夏天,提了多少蛋白,试了多少标记位点和组合方式,已记不太清楚了。但我肯定的是,在那个临时的办公室里面(此前是会议室),有一张床;印象深刻的是,二十几岁的年纪,困得顶不住的时候,趴半小时后起来,满血复活;事实证明过的是,我最长可以连续熬两个夜(所谓熬夜是指晚上不睡觉,白天接着干)。那次熬完夜采好所需数据,交给唐老师接力后面的处理与计算,实验室助理杨媚媚老师带我去吃了顿肉,给我买了个书包,很感动。那个书包我现在给了我姑娘,背着上学。

唐老师很兴奋地写好了文章(我真是什么都还不懂,帮不上忙),在2011年3月7日开始向Nature投文章。我第一次接触到了“投文章”,有了MTS账号。文章几经周折,最后于2012年1月9日在Angew Chem发表,hot paper。这是我人生中发表的第一篇文章,不知怎么表达内心的澎湃,举着课题用过的核磁管,请媚媚老师帮我拍了张照片(下图)。多么灿烂,那段日子里,平头干到了边分。

第一篇文章发表,举着实验样品乐呵

文章发表后,发生了很多开心的事情:2012年我去美国迈阿密参加了ENC会议,目前为止唯一一次出国;2012年我获得首届国家奖学金,3万块钱,春节在家扬眉吐气地吹了一星期的牛;2012年1月年唐老师获得了HHMI国际首届青年科学家奖,8月获批了国家杰青项目,《湖北日报》都来采访了,我们在实验室感觉无限荣耀。更重要的是,我们找到了一个很有意思的研究方向,开始研究泛素以及泛素多聚体的动态学和功能机制,从这发端,后来陆续在Biochemistry、eLife、PNAS、Cell Discovery、Protein & Cell等杂志发表了多篇文章,成为特色。

你看,很多事情都是偶然的:偶然的学习机会,偶然的一个课题,偶然的一个方向,但诸多偶然因素汇集,只要坚持、有梦想,总能推着你走向一个必然的出口。我在实验室这般劝勉学生。

技多不压身,别畏难多学点

研究蛋白质的动态结构,单一技术手段难以全面表征,需要综合使用多种交叉互补的生物物理手段。在我眼里,唐老师是这方面的天才。唐老师在2012年就很有远见地提出:开发和建立多技术联用方法,全面表征,基于多种实验数据进行整合计算,解析蛋白质的动态结构。策略和方向有了,怎么搞,如何实现?到我这个兵的时候,先从倒腾13C直接检测的NMR方法开始。近两年时间里,围绕13C直接检测,唐老师带着我先后尝试过一维谱、二维谱、三维谱,到四维谱,举步维艰,我没有获得值得发表的结果。常说成名太早不好,你看,我博一刚开始就发了篇不错的文章,但后面三年没有任何进展,压力山大。三年搞完,要毕业了。毕业那年,我女朋友(后来的妻子,省去两万字)倒是发了篇Angew Chem。我很不好意思地、悄没声息地跟在她后面,也答辩、毕业了。至今在她面前抬不起头(她是中科院优秀毕业生,我是中科院武汉教育基地优秀毕业生)。下图为证,我跟唐老师的毕业合影,两人好像都不怎么开心,可能当时有这么个原因。

好像不怎么乐呵的毕业合影

2014年博士读完,接着干博后。唐老师大棒一挥:干点NMR+!NMR方法有限,我们就再整点其他的结构约束条件,像iPhone plus那样,整个NMR plus。唐老师精心收拾好一间屋子,小心翼翼地摆上小角X光散射仪、动态光散射仪、时间分辨的荧光光谱仪、等温滴定量热仪、电化学工作站等多种生物物理化学设备,然后很开心地领着我进去,微笑着说:“刘主你看,好多有用的东西,你拿着你那个dimeric Ub,都试试,应该能看到变化。” “好!太好了!”反正这些东西我都不懂,也没用过,更不知道能干啥,唐老师说有用,那就有用。于是乒铃乓啷的又开始了一番折腾。不会不要紧,多花点时间,使点狠劲,总能往前。得多狠呢?我记得有一晚,大概每半小时下趟五楼设上一个实验(上文说的那个仪器房间),之后上来(学习区在六楼)继续处理数据、画图、读文献、到天亮,接着9点组会,讨论工作和计划,顺带讲一篇最新发表在Nature的关于protein dynamics的研究论文。且得是常态。

再后来,唐老师又在二楼收拾了间屋子,放上单分子荧光显微镜,再一次领着我进去,又一次微笑着对我说:“刘主你看,弄点单分子水平的动态信息,应该可以极大地简化和加速蛋白质系综结构的解析。” “好,很有道理!”单分子+系综,好酷,都有点哲学的美感了。可是,单分子实验是怎么做的呢,数据是怎么分析的呢?没接触过,我又一次从0开始摸索,过程非常难,也非常曲折,不可描述。唐老师跟我讲过,人压力大的时候容易长胖,他长胖就是在美国连发3篇Nature的时候(2006,2007,2008各一篇)。很有道理,摆弄那台单分子荧光显微镜的日子里,我从140斤长到了170。2016年冬天,实验关键时期,赶上单分子荧光显微镜的检测器坏了,我挑着担就去了清华大学的细胞影像平台,申请使用那边的单分子仪器采集数据。这个平台在地下室,我一进门,平台管理老师王文娟老师指着门后的一个行军床说,这个你可能用得上,要用可随意。王老师好懂我。我在那个地下室连干了五天,偶尔躺躺那个行军床,省了酒店的住宿钱。北京冬天那段时间的雾霾,我也没吸到,因为不用爬到地面上去。最后走的那个下午,北京雾霾散去,碧空如洗,傍晚到家,后半夜去中南医院,姑娘出生。

再后来,唐老师带着我认识了董梦秋老师,认识了董老师实验室的丁曰和师兄,开始学习化学交联质谱CXMS分析技术,并把交联数据转换成距离约束用作动态结构计算,威力无穷。至此—直到我用各种样品填满一整个-80ºC冰箱后,我们集齐了龚洲、董旭、刘侃等博士,建立了包括NMR、CXMS、smFRET、SAXS、MD等多种技术手段,整合联用,解析蛋白质的动态结构。我们2018年在Biochemistry发表了第一篇整合结构生物学的文章,解析的动态结构提交到了整合结构数据库PDB-Dev(2017年开通的),是PDB-Dev开通收录后的第4个结构;2019年在Cell Discovery发表了第二篇整合结构的文章,2020年被评为创刊5周年纪念的TOP 15 papers。至今,这些方法仍在发展中,并在探索新的应用场景。这会,我在研究作物磷酸盐稳态维持的分子机制,常跟学生讲,你看你这个问题,可以用那个方法来搞,那个问题可以用这个方法来搞,多种生物物理技术,随意切换,好爽。更是提醒他们:多学点,莫怕,使点狠劲,以后肯定有用;隔三差五的难受,那就是进步的滋味。

最后,还是要听过来人的话

其实,在2014年夏天,我从博士进入博士后的那个节点,有过挣扎,拧巴的挣扎。如前所说,2012~2014年,我没有进展,长达三年的持续负面打击,好不容易熬到了快要毕业。2014年春节后,我下定决心,立誓告别科学研究,博士毕业后找工作,去药企。下定决心后的日子,想着以后再也不用倒腾台面上的那些玩意,倍爽,走路都带风。也是在那段日子,唐老师作为我生命中的贵人,再次引导了我的人生方向:他极力劝解我,继续博士后的学习,走科研道路。与此同时,我的另一位恩师,浙大基础医学的张纬萍老师(唐老师的爱人)再次出山,苦口婆心,两位恩师轮番轰炸、集体轰炸,从个人发展到时代洪流,从历史总结到未来展望,从企业利弊到科研荣光,勉励我继续前进,不要一时冲动。我口笨,说不过他们,只能怼着说“大不了,我不干了,回家跟我叔养猪去”。那会我注意到过两位恩师的表情,一种伤心失望的表情。

但他们不气馁,持之以恒地劝解。最后,应该还是因为我嘴笨,说不过他们,或是心软,不忍他们伤心,接着干博后了。后来,2018年非洲猪瘟席卷全国,好险。

好幸运,听了过来人的话,我坚持下来了,唐老师和张老师共同指导着我完成了前面所述的博士后训练。守得云开见了明月,2018年我入职华中农业大学。感谢两位恩师,只恨当年没有偷偷留下几张照片。若有,我现在做学生工作时,应该用得上。
唐老师有一块牌匾,写的是“天道酬勤”,他跟我讲,他去国外求学时就背着去的。在武汉的那十年,他高悬在办公室的门框上,我在那块牌匾下学习和成长。现在,唐老师把它背到了北大,仍然挂在他的办公室,激励着一批又一批的学生,启迪着一批又一批的奋斗者。于我,我对这块牌匾的理解是:有一件事情,会让我坚持,在那段九年多的时光里,早上8点前起,晚上12点后回,隔三差五通宵,洗把脚就睡,擦把脸就醒;有一股子劲,会给自己打气,在持续的失败和挫折中,不断学习新的技术,尝试不同的方法,想着法地去调整。当老师后,我仍然如此,虽然还没弄明白图个啥,但我好像比以前更开心地投入了,心甘情愿地把醒着的时间全部花在实验室,趁着姑娘睡着的时候回家,趁着姑娘睡着的时候出门。我想,可能我是在模仿着唐老师那些年在“天道酬勤”的牌匾下的身影,别的不会,乐在其中。

2022年11月21日

于狮子山下

刘主,华中农业大学教授,博导,作物遗传改良全国重点实验室固定PI,湖北洪山实验室研究人员。

课题组链接:http://lst.hzau.edu.cn/info/1193/9906.htm

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